Samowola budowlana może znacząco wpłynąć na wartość nieruchomości oraz sposób sporządzenia operatu szacunkowego. Dotyczy to zarówno budynków wzniesionych bez wymaganych pozwoleń, jak i niezgłoszonych rozbudów, przebudów czy zmian sposobu użytkowania obiektu. Dla rzeczoznawcy majątkowego stan prawny nieruchomości jest jednym z najważniejszych elementów analizy, dlatego wszelkie nieprawidłowości mogą mieć wpływ na końcowy wynik wyceny. Samowola budowlana jest uznawana za wadę nieruchomości, która może obniżać jej wartość rynkową.